子公司若有對外借款需求，通常會由母公司出面背書保證。但在國稅局提出連銀行替公司開立信用狀都要收取保證費用、母公司替子公司背書也應收取保證費用見解後，母公司可否為子公司提供無償保證便受到挑戰。國稅局認為營利事業為關係企業背書保證提供擔保，係屬營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則（以下簡稱TP查核準則）第5條第6款規定「資金之使用」交易類型，應收取相關手續費收入，如未收取，應依可比較內部或外部資料設算，自行申報。營利事業95年度前若有母公司替子公司背書保證未計算手續費收入情形，國稅局因稅捐機關尚無統一具體作法，鑑於營所稅已申報，並未要求公司主動更正申報，僅要求其補稅，未另處罰。但對96年及以後年度之營所稅申報，國稅局因已有母公司不得為子公司無償背書保證入之看法，本所建議營利事業若有為關係人無償背書保證情形，必須更加謹慎。 惟背書保證是否必然會導致需設算保證費收入? 本所認為不應概括認定。依據全球第五大會計師事務所Grant Thornton 之『移轉訂價手冊』，評估背書保證移轉訂價是否合乎常規，需回歸Arm’s length Principle（常規交易原則），也即以企業與非關係企業進行『非受控交易』時，是否也會有相同作為進行評估。營利事業對關係企業背書保證之『受控交易』應與其為非關係企業背書保證之『常規交易』等同視之，常規交易若不屬須設算保證收入情形，受控交易也不須設算，不應受到歧視。譬如母公司若與非關係企業客戶長期往來並得到極大經濟利益(例如非關係企業為經銷商，母公司自其取得重要且極大比例營收），為維繫關係並持續由交易中獲利，母公司可能接受該非關係企業客戶請託，在合理限額內為內為其無償背書保證，此行為應視同企業交易互相給予之貨款信用額度。母公司為子公司無償背書保證，若能舉證為相同情形，應有機會主張免於設算保證費收入。
